A Balaton ökológiai állapotát egyszerre fenyegeti a parti beépítés, a nádasok pusztulása, a vegyszerek és a klímaváltozás hatására melegedő víz. Vasas Gábor, a Balatoni Limnológiai Intézet főigazgatója szerint a tó természetes működéséhez vízszint-ingadozás szükséges, és a vízmérleg változásai is kulcsfontosságúak a tó jövője szempontjából.